一款非常专业的多序列比对软件，Jalview官方版界面简洁友好，功能实用，操作简单，用户需要先安装相应的java组件才能够正常使用，软件可以有效地显示、分析和跟踪多个序列对齐，除此之外，软件还提供了人性化的导入导出选项，可以以从到Fasta (Pearson)、GCG-MSF、ALN/ClustalW、AMPS块文件、NBRF/PIR(包括MODELLER变体)或Pfam/Stockholm导入或导出数据，非常的方便实用。

软件特色

1、人性化的序列显示方式

2、支持对文字进行调整

3、自带丰富的着色方案

4、支持自定义着色方案

5、可以依照保守性调整字母的颜色

6、支持导出保存为主流的文件格式

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安装步骤

1、双击“install-jalview.exe”安装

多序列比对软件下载安装教程图一

2、点击next出现安装说明

多序列比对软件下载安装教程图二

3、一直next安装就可以了

多序列比对软件下载安装教程图三

如何设置每行显示的残基数?

通过在Format 菜单下，点击Wrap ，可使序列窗口中的序列的展示方式由“单段”显示变为“分段”显示，用鼠标拖动序列窗口边缘改变窗口宽度的同时，每行显示的残基数随之改变，如下图。

多序列比对软件下载安装教程图四

这里有两种比对方式，都是很简单的命令

一种是先比对，再生成树文件（树的格式是Newick format，）

muscle -in mouse_J.pro -out mouse_J.pro.a

muscle -maketree -in mouse_J.pro.a -out mouse_J.phy （这里有两种构建树的方式）

另外一种是比对成aln格式的数据，然后用其它软件（phyml或者phylip）来生出树文件

muscle -in mouse_J.pro -clwout seqs.aln

可以看到比对的效果还是蛮好的，是aln格式的比对文件，这个格式非常常用

多序列比对软件下载安装教程图五

或者输出phy格式的比对文件，

多序列比对软件下载安装教程图六

保存GenBank格式的EntZEX文件，包含轨迹、定义、登录、PID、NID、DbS源、关键字、源、引用、注释和完整的特征字段。修改或添加您自己的信息。保存在GenBank格式的多个序列文件保留任何输入信息。此信息也保存在BIOGEDIT项目文件格式中。

以上就是多序列比对软件下载安装教程。